“Perturb-Seq”, uma revolução na Biologia de Sistemas

Uma verdadeira revolução na maneira como a Biologia de Sistemas será abordada experimentalmente esta por vir! Conheça o “Perturb-Seq”, uma a técnica que permite avaliar o efeito do knockout de milhares de genes no transcriptoma celular, de forma simultânea.

Na postagem anterior, falamos sobre a revolução que a técnica chamada Droplet-seq trouxe ao permitir a obtenção do transcriptoma de dezenas de milhares de células únicas, de maneira rápida, simples e econômica. O “Perturb-Seq” é um desdobramentos do Droplet-Seq. A capacidade de gerar transcriptomas de células individuais em grande escala (100-200 mil células) permite que o efeito do knockout de milhares de genes possam ser avaliados em paralelo. Para isso, bibliotecas genéticas contendo “pools” de construções baseadas na técnica CRISPR (famosa técnica de edição de genomas) são introduzidas em células que terão seus transcriptomas determinados pela técnica do Droplet-Seq. Cada construção entra independentemente numa única célula, promovendo o knockout de um único gene. Assim, milhares de genes do genoma são knockouteados em milhares de células distintas. As alterações observadas em seus transcriptomas permitem inferir a função destes genes. Trata-se de um enorme salto na capacidade de entender a função dos genes no mar de complexidade dos milhares de genes sendo expressos nos mais variados tipos de células. Acesse o artigo original abaixo:

Perturb-Seq: Dissecting Molecular Circuits with Scalable Single-Cell RNA Profiling of Pooled Genetic Screens.

Dixit A, Parnas O, Li B, Chen J, Fulco CP, Jerby-Arnon L, Marjanovic ND, Dionne D, Burks T, Raychowdhury R, Adamson B, Norman TM, Lander ES, Weissman JS, Friedman N, Regev A.

Cell. 2016 Dec 15;167(7):1853-1866.e17. doi: 10.1016/j.cell.2016.11.038.PMID: 27984732

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