A técnica chamada “FISSEQ” (Fluorescent in situ sequencing) é uma tecnologia inovadora que une a informação posicional/estrutural da microscopia de fluorescência com a informação molecular do sequenciamento de nova geração (NGS).
O 1o vídeo mostra uma representação do sequenciamento dos RNAs mensageiros numa célula. A cada ciclo do processo, à medida que as bases vão sendo sequenciadas in situ, uma imagem é obtida com uma cor específica indicando qual base foi adicionada. Para ilustrar, as várias imagens obtidas em sequência são empilhadas verticalmente, de forma a representar a sequência de bases do RNA mensageiro presente naquela determinada posição da célula.
O 2o vídeo mostra que o sequenciamento é realizados em paralelo para todas as células que aparecem nas imagens de microscopia, guardando a informação posicional das células.
O 3o vídeo mostra que cortes histológicos de um órgão (cérebro de um camundongo neste caso) pode ter o transcriptoma de suas células determinado. A quantidade e a posição sub-celular de dezenas a milhares de RNA mensageiros podem ser identificados em cada uma das células de um tecido.
O último é o vídeo dos autores do artigo e inventores da técnica.
Construção e sequenciamento da biblioteca FISSEQ.
Fluorescent in situ sequencing (FISSEQ) of RNA for gene expression profiling in intact cells and tissues.
Lee JH, Daugharthy ER, Scheiman J, Kalhor R, Ferrante TC, Terry R, Turczyk BM, Yang JL, Lee HS, Aach J, Zhang K, Church GM.
Nat Protoc. 2015 Mar;10(3):442-58. doi: 10.1038/nprot.2014.191. Epub 2015 Feb 12.PMID: 25675209